В 2009 году в целях совершенствования условий хранения фондов музея-заповедника были приобретены 5 сейфов на сумму 199000 тенге, стеллажи для икон и металлопластики, шкафы для хранения одежды и других предметов из ткани, шкафы для хранения учетной документации, офисная мебель на сумму 109480 тенге. Помимо этого был проведен ремонт помещения хранилища «Керамика», где были обработаны стены и выкрашена мебель, пораженные грибком. Мебель для хранения была покрыта противопожарным лаком на сумму 50000 тенге. Реконструкции и ремонту была подвержена комната санитарной обработки, где сотрудники осуществляют первичную обработку музейных предметов.