В 2001 году начата реконструкция городского парка им. Кирова, переданного музею.

При участии сотрудников Алтайского ботанического сада были определены старые и больные деревья, которые постепенно заменяются на новые посадки. Выбирались деревья преимущественно областной флоры (пихта, ель, лиственница, береза, рябина и др.), способные хорошо развиваться в условиях города и представляющие пыле- и газоустойчивый щит.

Параллельно зданию музея расположен водоем. Берега его обрамлены типичной для рек нашей области пойменной растительностью. Это около 5 видов: ив, клен приречный, ракитник, лох серебристый. Более возвышенные и удаленные участки водоема заняли различные спиреи, барбарис, миндаль низкий и огромное множество диких многолетних красивоцветущих и декоративно лиственных растений. Многолетники подобраны так, что цветение начинается ранней весной и продолжается все лето. Виды сменяют друг друга, чем создается впечатление непрерывного цветения.

Северо-восточную часть коллекционного участка музея занимают деревья и кустарники Приморского края и Средней полосы России. Все имеющиеся виды давно интродуцированы в Алтайском ботаническом саду и поэтому районированы для нашего города и области. Интересна аллея из аралии высокой, продолжающаяся бархатом амурским, орехом серым. Подлесок составлен бересклетами, жимолостями, орешником, иргой, яблоней Сиверса, боярышниками и другими кустарниками и деревьями.