Существуют определенные каноны создания японского сада. Он может быть подчинен одной идее - так создаются сады камней, воды, мхов, времен года. Соответственно главным "действующим лицом" становятся расставленные группы камней, или водопад, или различные по цвету и фактуре мхи, или одинокое дерево на невысоком пригорке, или круговращение природы в смене времен года. А есть пейзажные сады. Существуют и смешанные сады, наиболее популярные в настоящее время.

На ограниченном участке пространства человеком создается модель мира, которая легче воспринимается именно

благодаря небольшим размерам. Происходит это в гармонии трех стихий - камня, воды и растений. Камни отождествляются со скалами, горами, островами. Вода или заменяющий ее песок - это водная поверхность.  Структуру сада задают камни, и искусство их расстановки - одно из главных в создании ландшафта. Суть этого искусства в том, чтобы суметь в каждом камне увидеть свое "лицо" и свою "позу", и наделить определенной ролью в композиции: он будет лежать, прислоняться, убегать. Камни и валуны означают силу и стойкость. Будучи неподвижными, они излучают покой, а расположенные асимметрично, они наиболее созвучны с природой.

Вода, символ жизни и жизненной энергии, обязательно присутствует в саду. Как наиболее подвижная из стихий, она задает характер и настроение сада.

Но вода необязательно должна быть настоящей. Часто ее заменяет засыпанная песком площадка. Такая песчаная площадка символизирует, кроме того, тишину и простор и оказывает успокаивающее воздействие на человека.

Используются вечнозеленые породы деревьев. Излюбленные растения - сосна - символ долговечности, бамбук и другие злаки, внешняя скромность которых подчеркивает гармонию общей картины. А из вечнозеленых лиственных пород чаще всего встречаются камелия, азалия, магнолия.

В устройстве японского сада действует принцип асимметрии.

В саду в японском стиле музея-заповедника высажены многолетние и однолетние растения: барбарис, можжевельник, спирея, эхинацея, хризантема, айва, ива, тополь, очиток,  овсяница, портулак, дороникум, львиный зев.