Музей открыт в 1968 году в селе Бутаково при восьмилетней школе.

До мая 1971 г. был школьным музеем. В музее были собраны уникальные предметы старины, отражающие историю и быт края.

7 мая 1971 г. Исполнительный комитет Лениногорского городского Совета депутатов трудящихся принял решение № 150 «Об организации Бутаковского народного музея».

Директором народного этнографического музея был назначен Зайцев Н.А. Лениногорскому городскому историко-краеведческому музею было поручено систематизировать и взять на государственное хранение имеющиеся экспонаты.

В января 1972г. Министерством культуры Казахской ССР для Лениногорского историко-краеведческого музея была выделена бюджетная единица научного сотрудника с предписанием использовать ее в Бутаковском музее. Бутаковский музей становится филиалом Лениногорского музея. Первым научным сотрудником музея стала бывшая ученица Бутаковской школы Тоня Полтаранина.

Учитывая редкость собранных в Бутаковском этнографическом музее памятников материальной и духовной культуры старообрядческого населения ряда русских сел ВКО и признанных уникальными докторами исторических наук С.С. Черниковым и А.А. Каприеловым, подтвержденных на международном симпозиуме по вопросам этнографии в Ленинграде в 1972 г., а также экспедицией института этнографии Академии Наук СССР, возглавляемой старшим научным сотрудником института, доктором наук А.А. Лебедевым в 1975 г., исполкомом Лениногорского городского Совета депутатов трудящихся пронято решение от 19 марта 1976 г. «О реорганизации Бутаковского филиала Лениногорского историко-краеведческого музея в Бутаковский этнографический музей под открытым небом».

В 2005 году Восточно-Казахстанский областной этнографический музей получил статус музея-заповедника, статус многопрофильного учреждения, так как вышел из рамок музея только как этнографического: произошло расширение профильного и тематического диапазона деятельности музея (это и история, и природа, и архитектура).